1、工程招投标法律法规体系欠完善
招标代理资格认定部门分散，多头管理。
《招标投标法》对招标代理机构提出了“具有编制招标文件和组织评标的相应专业力量”的资格能力要求。《工程建设项目自行招标试行办法》对此专业力量又解释为：有从事同类工程建设项目招标的经验，掌握有关招标投标法律法规的专职招标业务人员。这些规定要求由于缺乏统一规范的招标代理从业人员职业资格标准，实践中就难于有效衡量和控制招标代理机构的资格标准。招标代理机构资格则由国务院四个部门分别在不同的范围内认定。由于各部门分割管理，招标代理机构资格标准的制定和执行又缺少一个统一规范的招标从业人员的职业资格标准作为基础，于是一方面造成管理部门在认定招标代理机构资格中难于衡量、控制申请人的能力标准和行业的规模总量，从而引发了目前招标代理机构的低水平无限扩张和恶性竞争;另一方面又造成招标代理机构多头、重复申请资格及其年检的资源压力和浪费，并导致招标代理市场的行政分割、保护和竞争规则的不统一。
《招标投标法》是按照招标事项的内容来划分招标代理机构资格管理权，而发改委颁布了《中央投资项目招标代理机构资格认定管理办法》是按照工程项目的资金来源、所有者属性来划分招标代理机构管理权的，这就与建设行政主管部门的资格认定形成了交叉重复许可。根据国务院办公厅《关于国务院有关部门实施招标投标活动行政监督的职责分工的意见》34号)规定，招标投标监督执法实行分部门分专业和房屋建筑集中相结合的监管模式，这样，工业、交通等项目中房屋建筑的招标投标监督执法有时出现了建设行政主管部门和发改、交通等行政主管部门交叉监管。
业主权力大，责任小。《招标投标法》对投标人、中标人的经济制约有投标保证金、履约保证金等，违反规定可进行经济制裁，而对业主没有任何制约的规定。
评标专家委员会未能实现既定功能。
《招标投标法》从法律上对招投标活动中评标专家委员会的地位进行了界定，减少了项目业主对项目定标的行政直接影响，理论上体现了项目评标的民主化、科学化。然而，在实际运作中评标委员会并没有很好实现其预定功能。其原因是：①按照《招标投标法》对评标专家资格的界定，只有在大、中城市才有条件建立具有一定容量的评标专家库，合乎条件的评标专家在数量上显得不足;②评标专家从社会各行各业产生，评标专家的思想道德素质及专业素养较难把握，特别在库容不足的情况下，合乎法律硬性规定的专家基本都入库，致使专家质量参差不齐;③社会化选拔评标专家的方式，对专家仅有法律的约束，行政上对其约束不力。但由于工作特殊性，即使触犯法律，取证也较为困难，法律约束也不硬。对评标质量而言，主要依靠评标专家对自身的道德约束，道德约束对环境的依赖性很强，在目前复杂环境下，道德约束往往显得极为苍白;④现在招标项目众多，项目规模专业差异很大。对大部分项目而言，评标时间很短，在很短时间内要求评标专家拿出高质量评标成果不现实，往往只是履行法律上的程序而已。⑤在地方上，各个行业的评标专家一般都是受行业行政领导管理，由于行政领导与各个项目业主的密切关系，如果行政领导和项目业主领导串通一气，加上评标专家常常是本系统内的工作人员，怕于权力，常常会听从各个领导的暗示，使评标受控于当权者。评标委员会常常充当招投标活动中“橡皮图章”的功能，或“挡箭牌”功能，或评标专家参与“暗箱操作”。⑥评标专家只有权力，没有责任。在招投标法中只给予了专家的权利而没有相应的法律责任，这是不对等的。怎样规范专家的评标是能否“三公”的一个重要因素，甚至可以说是决定性因素。然而，截止目前，还没有一套完整的法规对评标专家权力、责任进行过明确、详细地界定。
监督体系不完善，监督和处罚的力度较小。一是统一完备的招投标管理体系还没形成，各行业、各部门出台的法规、制度标准不一，甚至相互抵触，还不能有效地防止人为因素的干扰。二是纪检、监察部门和招投标监管机构等只对招投标程序和结果进行监管，对招投标内容、标底及合同订立等监督存在缺位，使招投标管理的后续监督出现真空。三是招投标活动的行政主管部门既要对招投标活动进行监管，又要受理投标人及其他利益关系人的投诉，以及招标代理机构的认定，业务众多，造成监督力量分散而缺乏力度。四是对违规行为的处罚也只有警告、责令限期整改、罚款、没收违法所得或取消一定时期内招投标资格、评标的资格，对违规者的震慑力不够。缺乏相应的行政监督申诉制度和举报激励机制，导致制衡机制未能有效形成。现行的招标投标法对此没有明文规定，许多举报人要面对受报复的威胁，顾虑举报没有效果，招投标违规隐蔽性强取证难等，从而自动放弃举报。同时，缺乏对招投标中违规行为的举报激励机制、为举报人保密机制，舆论监督以及协调统一的行政监督申诉制度和投标人救济制度，仍不能对招投标活动形成有效的制衡机制。
2、工程招标代理机构独立和平等的法律地位没有落实
招标人行为的不规范直接导致代理行为的不规范。工程招标代理机构是从事工程招标代理业务的社会中介组织。理论上来说，中介机构是独立的、平等的第三方，本应依据公开、公正、公平和诚实信用的原则开展工作，但实际工作中，往往因各种原因受到招标人的制约，在招标代理活动中时时会体现建设单位的意图，很难做到公正、公平，所以从源头上规范招标人的行为，才能规范工程招标代理机构的代理行为。据2008年湖南省建设厅就工程建设单位有中标队伍倾向情况做了抽样调查得知，100%倾向的占3.45%，80%以上倾向的占10.34%，60%以上倾向的占24.13%，40%以上倾向的占17.24%，20%以上倾向的占13.79%，20%以下倾向的占31.03%。这说明了一个事实：招标看起来是程序合法，但实际上是不公平、公正的。面对招标人提出的中标人倾向要求，虽有部分工程招标代理机构认为不会满足招标人的不正当要求，但大部分工程招标代理机构还是认为在不影响自己的前提下要满足招标人要求。
3、工程招标代理市场过于饱和
按照《招标投标法》和《工程建设项目招标代理机构资格认定办法》规定，工程招标代理行业的代理机构应当具备一定的条件。但在对造价专业人员或执业资格专职人员的要求方面，招标代理机构仍低于同级别的造价咨询机构，在承接项目方面，乙级招标代理机构可以承接投资额近亿元的招标代理工程的清单和标底编制，同样乙级造价咨询机构却只能承接总投资额不高于5000万的造价咨询业务。由于工程招标代理机构的这种低门槛，再加上招标代理业务收入见效快、技术含量低，造成了大量工程招标代理机构的产生。过于饱和的工程招标代理市场，加剧了行业的无序竞争。由于工程招标代理工作在目前技术含量较低，招标人就形成了按收费高低作为选择工程招标代理机构的重要条件，有的工程招标代理机构担心如果自己不降价别人也会降价而失去代理机会;有的工程招标代理机构为了要业绩，甚至有不收费的现象;有的工程招标代理机构甚至为填补代理费不足，出现了乱收费行为等。现在能按国家规定收取代理服务费的项目少之又少，招标代理机构过低的收费无法挽留和吸引高素质的人才，无法加强基础工作建设，无法投入到业务工作的研究之中，对招标代理事业的发展危害极大。
4、工程招标代理从业人员缺乏系统性培训
工程招标代理是一个新兴的行业，由于组建代理机构投资少，风险小，一度成为企业发展的热门行业。招标人将工程招标代理工作交给工程招标代理机构包含了对代理机构的水平、信誉、人员的信任，而一些代理机构只注重了经济效益而淡化了自身企业的建设，出现了专职人员素质不高，工作质量低下，一本招标文件适用所有代理项目的现象，致使招标人产生了委托代理招标不如自己招标的感觉，形成经济和权力双重损失的错觉，严重影响了行业的社会信誉。近几年工程招标代理机构发展迅速，招标代理行业从业人员队伍迅速扩大，再加上招标涉及的范围广、监管部门多，不同的地方、不同的项目有不同的监管部门，不同行业的监管部门出台不同的行业法规和管理办法，不同地区的监管部门出台不同的地方法规和管理办法。新的法规、新的规范、新的标准缺乏短期集中培训，专职人员的从业素质、业务能力、职业道德水平得不到提高，专业知识和技能不能有效的得到更新、补充、拓展和提高。
